El Instituto Ecuatoriano de Seguridad Social se alinea con su misión y definirá su estructura organizacional sustentada en su base legal y direccionamiento estratégico institucional.

Para cumplir con la misión institucional; se ha definido dentro de su estructura los procesos gobernantes, procesos sustantivos, adjetivos de asesoría y de apoyo.

2.1 Los procesos gobernantes, son aquellos que determinan directrices, políticas, planes estratégicos para la dirección y control de la institución.
2.2 Los procesos sustantivos, son aquellos que realizan las actividades esenciales para proveer los servicios y productos que ofrece a sus clientes, y que se enfocan en cumplir la misión y objetivos estratégicos de la institución,
2.3 Los procesos adjetivos, son aquellos procesos que proporcionan productos o servicios a los procesos gobernantes y sustantivos.
2.4 Los procesos desconcentrados, son aquellos procesos que permiten gestionar a la institución a nivel territorial, participan en la implementación de políticas, metodologías y herramientas en el área de su jurisdicción en los procesos de información, planificación, y; seguimiento y evaluación.