La misión institucional de la Prefectura del Guayas es fomentar, promover y ejecutar obras y servicios de calidad que contribuyan al bienestar integral de la población guayasense. 

La Prefectura del Guayas tiene como objetivos:

-Conservar y recuperar las cuencas hidrográficas del Guayas

-Promover el desarrollo rural, vial y productivo de la provincia

-Optimizar los recursos públicos

-Fomentar las actividades productivas y agropecuarias provinciales

-Promover los sistemas de protección integral a los grupos de atención prioritaria