El Manual se busca establecer criterios, métodos, protocolos y procedimientos de evaluación que puedan ser aplicados de manera similar en los Países Miembros, y asegurar que todos los plaguicidas cumplan con estándares aceptables antes de ser distribuidos y comercializados en cada país miembro.

Busca que las regulaciones relacionadas con la producción y uso de plaguicidas químicos de uso agrícola aseguren la eficacia agronómica, salvaguardando la salud del hombre y del ambiente. Este objetivo debe alcanzarse por medios que no impidan el desenvolvimiento de la industria y el comercio dentro de la Comunidad Andina.