Para cumplir con la misión de "planificar, promover, coordinar, ejecutar y transferir procesos de investigación, ciencia, tecnología e innovación de la biodiversidad y sus componentes, para lograr el desarrollo del conocimiento y el fortalecimiento de la conservación, uso y aprovechamiento sustentable de este recurso estratégico", se ha definido dentro de la estructura del INABIO, procesos gobernantes, sustantivos, y adjetivos.

• Gobernantes: Son aquellos procesos que orientan la gestión institucional a través de la formulación de políticas, planes estratégicos o normas para la dirección y control de la institución y el cumplimiento de las metas fijadas.
• Sustantivos: También llamados Procesos Agregadores de Valor, son aquellos que constituyen la razón de ser del Instituto a través de los cuales se generan, administran y controlan las actividades esenciales para la provisión de servicios y productos destinados a los usuarios internos y externos de la institución, garantizando el cumplimiento de la misión institucional.
• Adjetivos: También llamados Procesos Habilitantes, son aquellos que proporcionan asesoría, productos o servicios a los Procesos Gobernantes y Sustantivos para viabilizar su gestión; se clasifican en Procesos Adjetivos de Asesoría y de Apoyo.