El certificado de origen constituye un documento físico o electrónico a ser presentado en la Aduana de destino, el mismo que estará basado en los formularios definidos en los acuerdos comerciales suscritos por el Ecuador o aquellos formatos determinados por los países que conceden preferencias arancelarias unilateralmente. Los certificados de origen preferenciales se regirán por las normas de origen de los Acuerdos o esquemas comerciales vigentes. Los certificados de origen no preferenciales se regulan conforme el Acuerdo de Normas de Origen de la OMC y su ámbito de aplicación comprende el tratamiento de la nación más favorecida, los derechos antidumping y compensatorios, las medidas de salvaguardia, las prescripciones en materia de marcas de origen, las compras del sector público, los cupos arancelarios y las restricciones y prohibiciones de importación. También se otorgarán por razones como: protección al consumidor, normas técnicas, sanitarias y fitosanitarias y los embargos comerciales.